O relator Pedro Henry incluiu em seu substitutivo ainda as seguintes emendas de sua autoria:
"Fica criado, dentro do limite quantitativo do quadro efetivo das agências, quadro pessoal específico a que se refere o artigo 18, composto por servidores que tenham sido redistribuídos para as agências até a data da promulgação desta lei". O objetivo do relator, com esta emenda, é permitir a criação do quadro de pessoal das agências em funcionamento sem que seja preciso editar uma nova lei.
"Terminado o mandato, o ex-dirigente ficará impedido, por um período de quatro meses, contados da data de término de seu mandato, de prestar qualquer tipo de serviço no setor público ou a empresa integrante do setor regulado pela agência". O relator acrescentou ainda que no período de quarentena está incluído eventual período de férias não gozadas. Durante o impedimento, o ex-dirigente fica vinculado à agência, recebendo a remuneração equivalente ao cargo que exerceu. No caso de servidores públicos também ficam mantidos todos os seus direitos. Estas medidas se aplicam a ex-dirigentes que pediram exoneração, caso tenham cumprido seis meses de mandato.