De acordo com o documento em consulta pública, deverão ser elaborados seis programas de aplicação do Fust: 1) Programa de Educação, em parceria com o Ministério da Educação; 2) Programa de Saúde, em parceira com o Ministério da Saúde; 3) Programa de Telecomunicações, elaborado apenas pelo Minicom; 4) Programa de Atendimento a Deficientes, em parceira com a Secretaria de Estado de Assistência Social do Ministério da Previdência e Assistência Social; 5) Programa de Segurança Pública, em parceria com o Ministério da Justiça; 6) Programa para Regiões Remotas e de Fronteiras, em parceria com o Ministério da Defesa.
