Outra mudança importante em relação ao primeiro projeto diz respeito às aplicações do fundo. A idéia inicial era que 50% dos recursos iriam para o BNDES, 30% para a Finep e 20% para o CPqD. No novo relatório só devem ser beneficiados, num primeiro momento, o BNDES e Finep (50% para cada um). O CPqD só teria direito a receber 20% dos recursos (deduzidos da parcela destinada ao Finep) a partir de 1º de agosto de 2001. Um ano depois, o conselho gestor decide se mantém ou não o recurso. Essa modificação foi introduzida porque temia-se que o CPqD se acomodasse com o fato de ter uma receita garantida. A data foi fixada em função do fim da obrigatoriedade das empresas de telecomunicações terem de contratar o CPqD.
