A terceira mudança feita no substitutivo diz respeito à isenção de IPI. Todas as empresas ficam isentas do pagamento até 2000. Nos anos seguintes, a renúncia vai sendo reduzida em cinco pontos percentuais (por exemplo: 2001 – 95%, 2002 – 90%) até o ano 2006, quando ela chega a 70% e é mantida constante até o fim da vigência da lei. Isso vale para as empresas instaladas nas regiões Sul e Sudeste. A diferença para as empresas das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste é a alíquota de IPI a ser paga, que deverá ser sempre um ponto percentual menor do que nas outras duas regiões. Isso significa que nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste as empresas ficam isentas do IPI durante dois anos.
