Como conseqüência das denúncias existentes contra o DNER, justamente de má condução dos processos jurídicos do órgão, entre outras, a União retirou do órgão a possibilidade de representação judicial, ou seja, quem deverá recorrer na Justiça pelo DNER, nesta e em outras causas, é a própria Procuradoria Geral da União.