O ato conjunto define que em 20 dias será nomeada a Comissão de Resolução de Conflitos. A comissão é permanente e com a participação de dois membros de cada uma das agências. Deverá se reunir quando provocada, variando sua formação em função dos setores a que se vinculam os agentes envolvidos no conflito: dois da agência reguladora do setor de atuação do requerente; dois da agência reguladora do setor de atuação do requerido; e um da agência do setor não envolvido. O regulamento define que, no processo de resolução de conflitos, as agências reguladoras deverão obedecer, entre outros, os princípios da legalidade, finalidade, motivação, razoabilidade, proporcionalidade, moralidade, honestidade, imparcialidade, ampla defesa, contraditório, segurança jurídica, interesse público e eficiência.