Os recursos do Funttel serão provenientes, principalmente, da contribuição de 0,5% sobre a receita operacional líquida das empresas de telecomunicações que prestam serviços nos regimes público e privado. O projeto também prevê que o patrimônio inicial será de R$ 100 milhões, transferido do Fistel (fundo de fiscalização das telecomunicações). Os recursos do fundo serão utilizados de acordo com um plano de aplicações elaborado pelo conselho gestor. Esse plano deve destinar 50% dos recursos ao BNDES, que os concederá como empréstimo, 30% à Finep, que poderá aplicar a metade, e 20% à Fundação CPqD, que o utilizará, sem retorno.