Também em relação ao projeto do Funttel, a captação e destino dos recursos foi o que mais causou polêmica. O deputado Alberto Goldman sugere que: "a partir de 1º de agosto de 2001, 20% dos recursos sejam alocados à Fundação CPqD". No projeto, porém, este percentual se refere à parcela destinada ao Finep. Goldman continua ainda dizendo que "a partir de 1º de agosto de 2002, o Conselho Gestor do Fundo pode manter ou reduzir o percentual, levando em consideração a necessidade de recursos para a preservação da capacidade de pesquisa e desenvolvimento daquela Fundação." Já Walter Pinheiro defende que as verbas para o CPqD sejam mantidas. O deputado Júlio Semeghini sugere que 40% dos recursos sejam aplicados por intermédio do BNDES e 60% por intermédio da Finep. O projeto original determina uma divisão meio a meio.
