Apesar dos líderes do governo continuarem afirmando que haverá consenso, o relator do projeto afirmou que não mexerá em pontos cruciais que estão impedindo o avanço da negociação. No substitutivo que apresentou, Semeghini alterou os seguintes pontos: 1) A lei passa a vigorar até 2010, não mais até 2013; 2) As regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste terão redução de 99% do IPI até 2002, enquanto as regiões Sul e Sudeste têm essa mesma redução somente até 2000. A redução gradual fica mantida, nas mesmas proporções, nos anos subsequentes; 3) 40% dos recursos depositados no Fundo Nacional de Desenvolvimento Tecnológico (Funttel) deverão ser aplicados em projetos desenvolvidos nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste; 4) Foi incluído um parágrafo determinando que o Poder Executivo definirá a relação dos bens de que trata a Lei, até 30 dias depois da publicação da lei. Essa lista foi feita para proteger a indústria de eletro-eletrônicos instalada na Zona Franca de Manaus.