Assim como no caso do Fust, o conselho gestor do Funttel também terá sua administração ligada ao Ministério das Comunicações. Essa é uma das modificações em relação ao projeto anterior, que determinava que a gerência do fundo seria de responsabilidade da Anatel. Segundo o relator Luiz Moreira, quando o primeiro projeto foi feito pensava-se que todas das responsabilidades do Minicom seriam transferidas para a Anatel. O que, sabe-se agora, não vai ocorrer. Além do representante do Ministério das Comunicações, o conselho gestor terá participação de um representante dos ministérios da Ciência e Tecnologia e do Desenvolvimento, e também da Indústria e Comércio. Além destes órgãos, haverá representantes da Anatel, BNDES, Finep, empresas concessionárias de telefonia fixa e celular, fabricantes de equipamentos de telecomunicações, produtores de software e centros de pesquisa.
